La Guerra de los Reploides, provocada por el Virus Sigma que convirtió a los Reploides en Mavericks, duró siglos. Mega Man X puso fin a la eterna batalla. Por fin, la gente pudo comenzar a reconstruir el mundo. La ciudad de Neo Arcadia se estableció como base principal para construir un mundo pacífico. Sin embargo, la «paz» que la gente estaba creando se convirtió en un desastre para los Reploids. El gobierno temía que los Reploids se volvieran locos, así que los acusaron y los arrestaron por cualquier motivo, ¡o incluso sin motivo alguno! Los Reploids que pudieron escapar se refugiaron con Ciel, un ex investigador Reploid, en una ciudad abandonada; Enterrada en las instalaciones abandonadas, descubre al legendario Reploid, Zero.

• Fecha de lanzamiento: 10 de septiembre de 2002
• Género: 2D Action Platformer
• Plataforma: Game Boy Advance (GBA)
• Desarrollador: Capcom
• Calificación: E (Todos)